溫州師范學院自1987年6月26日起，谷亨杰擔任院長（1983年至1987年期間曾任溫州師專校長）；李日增自1993年9月7日至1997年5月擔任溫州師范學院院長；馬大康自1997年6月至2004年6月擔任溫州師范學院院長。蔡袁強自2008年3月至2015年7月擔任溫州大學校長；李校堃自2015年8月至2018年4月擔任溫州大學校長；趙敏自2018年9月至2020年2月1日擔任溫州大學校長。
2004年3月27日，全國高等學校設置評議委員會在四川成都召開會議，投票通過了溫州師范學院與溫州大學合并，籌備建立新的溫州大學。
2004年4月5日，學校成功舉辦了全國高等師范院校外語教學研究協作組的2004年學術年會。
2004年5月，中國紅蜻蜒集團捐贈100萬元，用于成立溫州師范學院美術學院鞋靴科技創新基金會。
2004年5月14日至17日，學校承辦了第五屆全國生物數學年會。
2004年5月19日，教育部辦公廳發布教發廳函[2004] 23號文件，同意在溫州師范學院與溫州大學合并的基礎上籌備溫州大學，籌備期為一年。
2004年5月20日，學校選送的4名學生在浙江省第四屆大學生藝術聲樂、器樂（專業組）專場比賽中，分別獲得一、二等獎各1個，三等獎2個。
2004年5月，教育部批準在溫州師范學院與溫州大學合并的基礎上籌備新的溫州大學。
溫州師范學院開設有國際經濟與貿易、社會工作、漢語言文學、英語、廣告學、編輯出版學、藝術設計、動畫、信息與計算科學、統計學、電子信息工程、通信工程、計算機科學與技術、環境工程、食品科學與工程、食品質量與安全、生物工程、信息管理與信息系統、工程管理、工商管理、市場營銷、會計學、財務管理、人力資源管理、電子商務、行政管理、公共事業管理、勞動與社會保障等專業。學校設有18個二級學院，包括人文學院、法政學院、經濟與管理學院、外國語學院、數學與信息科學學院、物理與電子信息學院、化學與材料科學學院、生命與環境科學學院、計算機科學與工程學院、美術學院、音樂學院、體育學院、教育科學學院、學前教育學院、初等教育學院、甌江學院、成人教育學院、繼續教育學院，共計50多個本?？茖I，6個碩士學位授予點。
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