首都醫科大學的歷史沿革可追溯至1960年9月12日，其時名為北京第二醫學院。1985年8月22日，學校更名為首都醫學院。隨后，1986年8月27日，學校被定位為市屬重點院校。1994年2月5日，經教育部批準，學校正式更名為首都醫科大學。2000年9月12日，學校迎來了創院40周年紀念。到了2010年9月12日，首都醫科大學慶祝創院50周年，并在同年入選國家“特色重點學科項目”建設高校。
2011年底，學校榮幸地被選為國家建設高水平大學公派研究生項目的一員。
2012年11月，首都醫科大學成為教育部、原衛生部首批卓越醫生教育培養計劃項目試點高校。
2015年4月，學校再次獲得教育部、國家中醫藥管理局的青睞，成為卓越醫生（中醫）教育培養計劃改革試點高校。同年12月，北京市人民政府、國家衛生計生委、教育部決定共同建設首都醫科大學。
2017年3月，學校入選北京市 “一帶一路”國家人才培養基地項目。
2018年4月13日，首都醫科大學成為京港大學聯盟的創始成員。
2019年9月，學校入選省部共建協同創新中心。12月，首都醫科大學攜手其他5所醫學院校，共同發起成立北京卓越醫學人才培養高校聯盟。
2019年12月，中國醫學科學院發布的《2018年度中國醫學院?？萍剂恐祱蟾妗凤@示，首都醫科大學綜合排名位列前10位。
歷任校長包括：
- 陳應謙：1980.8至1984.4；
- 李光弼：1984.4至1985.10；
- 徐群淵：1985.10至1994.6，任首都醫學院院長；
- 徐群淵：1994.6至2002.3；
- 杜金香：2002.3至2004.11；
- 呂兆豐：2004.11至今，擔任首都醫科大學校長。
截至2020年1月6日，學校官網顯示，全日制在校生總數為12422人，其中研究生4648人，本科生5309人，高專高職生1765人，留學生700人；成人教育學生3121人。學校和附屬醫院現有教職員工及醫務人員42791人（校本部1470人，附屬醫院41321人），其中包括中國科學院院士3人、中國工程院院士4人；正高職稱2596人，副高職稱4164人；教授944人，副教授1303人；博士生導師689人，碩士生導師1124人；擁有7個國家級優秀教學團隊，1個黃大年式教師團隊，11個市級優秀教學團隊，1名國家級教學名師、24名市級教學名師、1名青年教學名師、3名“高創計劃”教學名師。
截至2020年1月6日，學校官網還顯示，校本部設有10個學院、1個學部、1個研究中心、1所附屬衛生學校；設有32個臨床診療中心；開設24個本科專業、14個?？茖I；擁有21所臨床醫學院（其中19所為附屬醫院）；此外，還設有38個臨床?？茖W院、?？茖W系。
學校在教育部、國家衛生健康委員會“卓越醫生教育培養計劃”試點項目方面擁有6個項目；擁有7個國家級和10個市級特色專業、2個北京市一流專業；開設7門國家級和18門市級精品課程、5門國家級精品資源共享課程、1門國家級精品視頻公開課；建立3個國家級和6個市級實驗教學示范中心、3個國家級人才培養模式創新實驗區和1個市級人才培養模式創新試驗區、1個國家級大學生校外實踐教育基地、5個北京市級校外人才培養基地和1個素質教育基地；并設有國家生命科學與技術人才培養基地、原衛生部全科醫學培訓中心、北京市全科醫學培訓中心、首都衛生管理與政策研究基地等。2014年，學校成功通過了教育部臨床醫學專業認證。
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