山西中醫學院，源于1978年成立的山西醫學院中醫大學班，并于1989年經原國家教委批準，正式更名為山西中醫學院。2001年，學院開始招收碩士研究生，2017年5月，教育部批準其更名為山西中醫藥大學。同年5月23日，山西中醫藥大學成為中國政府獎學金生委托培養高校。6月，新增植物保護、康復治療學、應用心理學三個學士學位授權專業，并與左云縣、大同市礦區人民政府簽署校地合作協議，同時與當地中醫院建立附屬醫院醫療聯合體。此外，國家中醫藥管理局批準學校承擔“多發性硬化益氣活血重點研究室”建設，實現了零的突破。6月26日，學校舉行“1331工程”暨“雙一流”建設報告會與揭牌儀式。7月24日，臨床學院與直屬附屬醫院實施“院院合一”管理體制。
歷任院長包括：翟維敏（1990.5-1992.7）、郝思親（1992.7-1995.7）、郭鳳來（1995.7-1998.7）、陶功定（1998.7-2005.11）、周然（2005.11-2016.01.08）、馬存根（2016.01.08-2016.09.15）、李青山（2016.09.15-2018.11.27）、劉星（2018.11.27-2020.02.20）。
截至2020年2月20日，學校官網顯示，教職工總數為4183人，其中專任教師618人，高級職稱教師316人，正高職稱92人。學校擁有國醫大師2人，國家杰出青年科學基金獲得者1人，國家級教學名師1名，以及其他各類人才和專家。開設21個本科專業，覆蓋醫學、工學、管理學等多個領域，并于2007年通過教育部本科教學工作水平評估，2014年通過中醫學專業認證，2018年通過本科教學工作審核評估。學校設有國家特色專業、品牌專業、實驗教學示范中心等多個項目，并獲得多項教學成果獎。
基礎設施方面，學校擁有太原、晉中兩個校區，占地979畝。晉中校區建筑風格獨特，環境優美，富有中醫藥文化元素，被認定為全國中醫藥文化宣傳教育基地。教學科研設備總值達17331.73萬元，紙質圖書95萬冊，電子圖書310萬冊，各類數據庫36個，建立了先進的現代電子圖書系統和計算機網絡服務體系。
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