廣西農業職業技術學院設置有生物技術系、園藝工程系、動物科學技術系、商貿管理系、電子信息工程系、食品與機電工程系、外語系、公共基礎部、社會科學教學研究部、繼續教育部等10個教學部門。
廣西農業職業技術學院專業設置有生物技術及應用、園藝、城市園林、種子生產與經營、畜牧獸醫、動物醫學、食品加工技術、機電一體化技術、工商企業管理、計算網絡技術、應用越南語等35個專業（含方向），形成了以農類為主，工、商、經、管、文等多學科多專業協調發展的專業布局。其中畜牧獸醫、種子生產與經營、食品加工技術、電子商務、工商企業管理等5個專業被廣西教育廳認定為廣西高等學校優質專業。
學院積極開展國際交流與合作，與東南亞各國建立起"東南亞農業職教交流網絡"。先后派出20多名專業教師到日本、美國、岡比亞、泰國、澳大利亞等國進行留學、考察研修或技術指導，邀請外國專家到校講學、交流。1992年開始與越南農業部以及農業科研院所、大中專院校發展友好關系，承擔國家農業部"農業科技教育走出去"戰略項目，先后為越南培訓農業技術人員37期715人次；與老撾農林部簽訂了《關于農業合作的協議》，并在老撾獲得了60公頃土地的20年無償開發權，開始建設中國果蔬新品種試種基地；在印度尼西亞的北蘇拉威西省TOMOHON市協助LOKON中學興建一所大專層次的農業職業院校。
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