內蒙古醫科大學有公共衛生學院等18個學院；蒙古醫藥學院；鄂爾多斯分公司；思想政治理論教研室；衛生管理學院(自治區衛生政策研究所)；外國語學院；體育系；研究生院；國際教育學院；繼續教育學院；臨床醫學系；計算機信息學院；護理學院(衛生技術學院)；基礎醫學院；藥學院；中醫學院和其他學院。
內蒙古醫科大學的核心專業有：針灸推拿、工商管理、廣告設計與制作；護理學、電子信息工程技術、農學數控技術、信息管理與信息系統、公共事業管理、藥學、中藥、預防醫學、藥物制劑、蒙醫、臨床醫學與醫學技術、中醫學、護理學(蒙學)、工程制藥工程、應用化學技術、煤炭深加工與利用、石油化工生產技術、化工設備維修技術、材料工程技術。煤質分析技術、電力系統自動化技術、電氣自動化技術、火電設備及應用、高分子材料應用技術、環境監測與評價、食品加工技術、生產過程自動化技術、精細化學品生產技術、機電一體化技術、建筑裝飾工程技術、化學制藥技術、建筑裝飾材料與檢測、市場營銷、會計電算化、會計與審計、物流管理、旅游管理、電子商務、生物學、應用心理學、心理學(中外合作辦學)、計算機應用技術、食品營養與檢測、計算機控制技術、計算機網絡技術、 文學英語、蒙醫、臨床醫學、醫學檢驗技術、藥物制劑技術、蒙醫、法醫學、口腔醫學、中醫、視光技術、生物科學、藥學、藥劑學、臨床醫學、麻醉學，等等。
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