南京信息工程大學有24個學院，包括：傳媒與藝術學院；馬克思主義學院；研究生院；閱江書院；繼續教育學院；區域培訓中心；環境與工程學院；計算機軟件學院；物理光電工程學院；大氣科學學院；大氣物理學院；應用氣象學學院；水文氣象研究所；海洋科學學院；遙感學院；信息控制學院；電子信息工程學院；數學和統計學院；國際教育學院；體育部；濱江學院；公共管理學院；經濟與管理學院；文化學院和其他學院。
南京信息工程大學的核心專業有：通信工程、電子科學與技術、電氣工程及其自動化、測控技術與儀器、網絡工程、測繪工程、農業資源與環境、國際經濟與貿易、財務管理、人力資源管理、信息管理與信息系統、電氣信息(國內外)、信息工程、計算機科學與技術、電子信息工程、電氣工程及其自動化、自動化、軟件工程、遙感科學與技術、環境工程、 防雷科學與技術、環境科學、信息與計算科學、應用氣象學、材料物理學、應用物理學、地理信息系統、海洋科學、生態學、應用化學、統計學、光信息科學與技術、日語、英語、漢語言文學、對外漢語、翻譯、行政管理、會計、物流管理、市場營銷、公共事業管理等。
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