四川中醫學院有核技術與自動化工程學院等20個學院；商學院；中澳旅游與酒店管理學院；信息工程學院；四川中醫學院；材料化學與化學工程學院；信息管理學院；網絡教育學院；體育系；沉積地質學研究所；工程技術學院；文法學院；外國語學院；傳播與藝術學院；繼續教育學院；廣播電影電視學院；研究生部；地球科學學院；能源學院；環境與土木工程學院等。
四川中醫學院的核心專業有：測控技術與儀器、核工程與技術、輻射防護與環境工程、工程結構分析、空間信息與數字技術、機械工程及其自動化、核化學工程與核燃料工程、電氣工程及其自動化、計算機科學與技術、信息工程、軟件工程、建筑學、土木工程、應用化學、地質學、地球化學、資源與環境與城鄉規劃管理、地理系統、地球物理學、測繪工程、 環境工程、化學制藥工業、生物工程、通信工程、核技術、新能源材料與器件、風景園林、經濟學基礎課、經濟學、國際經濟與貿易、信息管理與信息系統、工業工程、工程管理、工商管理、市場營銷、會計學、財務管理、旅游管理、電子商務、土地資源管理、人力資源管理。 會展經濟與管理、會展經濟與管理、政治學與行政學、法學、社會學、地理學、數學與應用數學、信息與計算科學、化學、電子信息科學與技術、應用物理學、日語、廣播電視新聞學、英語、廣告學、物聯網工程、地下水科學與工程、遙感科學與技術、思想政治教育、數字媒體技術、石油工程、勘探技術與
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