1951年，昆明市衛生局正式批準設立昆明中醫進修班，標志著中醫教育的新篇章。
到了1953年3月，昆明中醫進修班在原有基礎上，經上級同意，升級為昆明中醫進修學校，專注于中醫人才的培養。該校的校長由昆明市衛生局副局長王之翰兼任。
同年，昆明中醫進修學校劃歸云南省衛生廳管理，并將校址遷移至昆明市三合營原13號。
1957年1月，學校遷至昆明高峣繼續辦學，王天順擔任校長。當年，學校增設了包括“中醫師資班”、“針灸師資訓練班”、“中藥調劑班”、“麻風防治干部訓練班”以及“衛生干部文化班”等多個專業班級。
1958年7月1日，昆明中醫進修學校更名為云南省中醫學校，校址遷至昆明市平政街41號。當年，學校新增了“保育訓練班”和兩年制的“西醫離職學習中醫研究班”。王多海擔任校長，吳佩衡擔任副校長，后吳佩衡接任校長，王多海任黨總支書記兼副校長。
1960年5月，云南中醫學院正式成立，吳佩衡成為首任院長。
1962年初，受國家經濟困難影響，云南中醫學院面臨停辦的風險。幸運的是，在周恩來總理的關懷下，學校得以保留。
1964年2月，學校校址遷至白塔路6號（原昆明第一衛生學校校址），占地面積30畝。
1971年至1976年，學校培養了630名三年制中醫專業畢業生。
1987年9月12日，經上級批準，學校在昆明市官渡區關上鎮雙橋鄉征地109畝，進行擴建。
1992年2月，中藥系從白塔校區搬至關上校區，標志著關上新校區的正式啟用。
1997年，學校的黨政部門全部遷至關上校區辦公，關上校區自此成為校本部。
2005年，學校在呈貢新城雨花片區征地823.5畝，用于新校區的建設。
2008年9月10日，呈貢新校區一期工程建成并投入使用，首批1750余名師生入駐。
2009年3月1日，學院院本部全日制本?？粕?、研究生和留學生3000余人及教職員工近600余人正式入駐呈貢新校區。
2010年11月20日，學院在呈貢校區舉行建校50周年的慶典活動。
學院開設的專業包括：護理學、康復治療學、中草藥栽培與鑒定、中藥資源與開發、中藥學、藥物制劑、中西醫臨床醫學、針灸推拿學、食品科學與工程、制藥工程、計算機科學與技術、公共事業管理、市場營銷、應用心理學、醫學實驗技術、藥學等。
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