早在1921年，江西公立醫學專門學校創立，這便是南昌大學醫學院的前身，首任校長為何煥奎。到了1940年，國立中正大學成立，而在1949年5月南昌解放后，國立中正大學更名為國立南昌大學，并入了江西工專、農專、水專、體育師范?？?，由中南區教育部直接領導，經費也由中南教育部直撥。
1952年，教育部根據“培養工業建設和師資為重點，發展專門學院，整頓和加強綜合性大學”的方針，進行了大規模的院系調整。在江西，南昌大學農學院首先獨立設置為江西農學院，并入南昌農專、江西獸專，院址遷至南昌縣蓮塘。同年，南昌大學工學院的采冶工程科、農業工程科、水利工程系科分別并入中南礦冶學院（現中南大學）、華中農學院（現華中農業大學）和武漢水利電力學院（現武漢大學）。
原國立中正大學校門設計靈感來源于現校門1952年底，中南教育部在武漢召開全區高等院校院系調整會議，南昌大學由黨組書記、秘書長魏東明帶隊，工學院副院長王修寀、總務長戴鳴鐘、副教務長谷霽光以及會計科科長歐陽侃一同參加。此次會議由中南教育部副部長徐懋庸主持，中南局宣傳部部長趙毅敏作政治報告，主要講述了過渡時期總路線。會議討論了院系調整方案，提出了取消湖南、廣西、南昌三大學校校名，在湖南、廣西、江西三省獨立設置師范院校的建議。
會議后，南昌大學進入了緊張的院系調整階段，成立了中南區高等院校院系調整委員會南昌分會，呂良、劉乾才、魏東明等14人擔任委員。根據調整方案，南昌大學工學院的機械工程系科、電機工程系并入新成立的華中工學院（現華中科技大學）；土木工程系科并入新成立的中南土木建筑學院（現湖南大學）；化學工程系科并入華南工學院（現華南理工大學）；理學院的物理系、化學系，文法學院的文史系、俄文系科并入武漢大學；數學系、生物系并入中山大學；經濟系并入新成立的中南財經學院（現中南財經政法大學）；教育系和師范部教育科、生物科并入湖南師范學院（現湖南師范大學）；史地科地理組并入華南師范學院（現華南師范大學）。同時，以體育專修科和師范部體育科為基礎成立中南體育學院，院址暫設南昌大學原址。1955年遷至武漢。
在院系調整期間，邵式平省長請示中央同意，將原擬成立的江西師專改為江西師范學院，并保留生物科。
1958年，江西工學院和江西大學成立，1962年江西師院生物系并入江西大學，1965年，江西大學和江西工學院均初具規模，江西大學設有7個系、12個專業和瑞金分校；江西工學院設有4個系、9個專業。1985年江西工學院更名為江西工業大學，江西大學與江西共青墾殖場聯合創辦了江西大學共青學院。1993年江西大學與江西工業大學合并組建成新的南昌大學，同年成為江西省第一個博士授予單位。1997年，南昌大學正式列入國家“211”工程重點建設大學。2002年12月29日，南昌大學前湖校區奠基。2004年，江西省人民政府、教育部簽署協議，南昌大學實行省部共建。2005年，南昌大學與江西醫學院正式合并組建新的南昌大學，學校步入一個嶄新的發展階段。
2008年5月16日，奧運圣火在南昌大學前湖校區傳遞，成為全球少數幾次在大學校園內傳遞奧運圣火的盛事之一。
10月6日，南昌大學太陽能光伏學院成立，這是中國第一所在大學設立的光伏學院。2009年9月9日，全運會圣火在南昌大學進行傳遞，這是江西境內唯一的傳遞地點，繼奧運圣火之后又一大盛事。2011年5月4日南昌大學迎來建校90周年慶典，部、省領導和南昌大學知名校友到場慶祝昌大九秩華誕。
以下為南昌大學部分學院及專業級別：
- 材料成型及控制工程 機電工程學院 國家級
- 通信工程 信息工程學院 國家級
- 醫學影像學 醫學院 國家級
- 漢語言文學 人文學院 國家級
- 生物科學 生命科學與食品工程學院 國家級
- 計算機科學與技術 信息工程學院 國家級
- 工商管理 經濟與管理學院 國家級
- 食品科學與工程 生命科學與食品工程學院 國家級
- 自動化 信息工程學院 省級
- 麻醉學 醫學院 省級
- 機械設計制造及自動化 機電工程學院 省級
- 土木工程 建筑工程學院 省級
- 材料科學與工程 材料科學與工程學院 省級
- 化學 理學院 省級
- 化學工程與工藝 環境與化學工程學院 省級
- 預防醫學 公共衛生學院 省級
- 新聞學 人文學院 省級
- 數學與應用數學 理學院 省級
- 水產養殖學 生命科學與食品工程學院 省級
- 環境工程 環境與化學工程學院 省級
- 高分子材料與工程 材料科學與工程學院 省級
- 口腔醫學 醫學院 省級
- 熱能與動力工程 機電工程學院 省級
- 行政管理 公共管理學院 省級
- 哲學 人文學院 省級
- 經濟學 經濟與管理學院 省級
- 法學 法學院 省級
- 建筑學（五年） 建筑工程學院 省級
- 英語 外國語學院 省級
- 旅游管理 經濟與管理學院 省級
- 自動化 信息工程學院 省級
- 電子信息工程 信息工程學院 省級
- 臨床醫學 醫學院 省級
- 護理學 醫學院 省級
- 信息管理與信息系統 信息工程學院 省級
- 工業設計 藝術與設計學院 省級
- 行政管理 法學院 省級
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