1946年2月，為了滿足東北革命根據地醫藥衛生事業的發展需求，黑龍江軍區衛生部創建了黑龍江軍區軍醫學校。該校最初位于黑龍江省政府所在地的北安市，由黑龍江軍區衛生部直接管理。1947年初，黑龍江軍區衛生部將黑龍江軍區軍醫學校更名為黑龍江軍區衛生學校。到了1948年秋季，隨著黑龍江軍區衛生部的南遷，黑龍江軍區衛生學校交由地方政府管理，并更名為黑龍江省衛生學校，歸屬于黑龍江省政府民政廳衛生處。
1948年10月，鑒于西滿地區衛生防疫事業的迫切需求，嫩江省政府在齊齊哈爾市設立了嫩江省立衛生學校，隸屬于嫩江省政府民政廳衛生處。
1949年5月，嫩江省與黑龍江省合并，黑龍江省衛生學校與嫩江省立衛生防疫學校合并，成立了黑龍江省立衛生干部學校，校址設在齊齊哈爾市光復街，隸屬于黑龍江省政府民政廳衛生處。1951年1月，經過全國中等技術教育整頓會議后，黑龍江省立衛生干部學校改建為黑龍江省醫士學校，由黑龍江省衛生廳和文教廳共同管理，并被列為東北人民政府所屬中等衛生學校的示范單位。
1952年，黑龍江省立第一醫院（現齊齊哈爾市第一醫院）成為學校的教學醫院。1953年1月，根據國家教育部關于校名地名稱謂的規定，黑龍江省醫士學校更名為齊齊哈爾醫士學校。1959年，齊齊哈爾市第三醫院（現第一附屬醫院）劃歸學校，成為附屬醫院。
1961年9月，學校校址從齊齊哈爾市光復街遷至富拉爾基區。
1978年12月，經國務院批準，齊齊哈爾醫士學校由中等專業體制升格為高等?？企w制，建立了齊齊哈爾醫學?？茖W校。1982年，黑龍江省衛生廳決定將嫩江地區中心醫院作為學校的第二附屬醫院（暫屬嫩江公署）。1988年1月，隨著嫩江地區與齊齊哈爾市的合并，嫩江地區中心醫院正式成為學校的一部分。
1986年3月，國家教育委員會批復黑龍江省政府，同意將齊齊哈爾醫學?？茖W校改建為齊齊哈爾醫學院。1995年，國家教委決定對學院進行教學工作合格評價，1996年8月學院遷至原東北重型機械學院校址，1997年11月順利通過了國家教委的合格評價。
自2000年起，經省政府批準，齊齊哈爾鐵路中心醫院和哈爾濱鐵路局齊齊哈爾?？漆t院成為學院直接領導的第三、第四附屬醫院，大慶龍南醫院、齊齊哈爾市第一醫院則成為學院非直接領導的第五、第六附屬醫院。2008年4月，學院整體搬遷至建華區卜奎北大街333號。
截至2013年3月，學院設有基礎醫學院、精神衛生學院、公共衛生學院、醫學技術學院、藥學院、成人及繼續教育學院、護理學院、第一臨床學院、第二臨床學院、第三臨床學院、第四臨床學院、社科部、體育部和外語部等十四個二級學院和部門。
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