1933年，標志著昆明醫科大學發展歷程的起點，其前身東陸大學醫學專修科正式成立。
1956年，昆明醫科大學正式建院，開啟了醫學教育的新篇章。
1977年，隨著高考制度的恢復，昆明醫科大學重新開始了招生工作。
1981年，昆明醫科大學榮幸地成為全國首批碩士學位授予單位。
1993年，學校被列為省屬重點院校，確立了其在醫學教育領域的地位。
1996年，學校獲準開展在職人員以同等學力申請碩士學位的工作。
1998年，昆明醫科大學再次取得重要成就，成為博士學位授予單位。
2000年和2003年，學校分別成為臨床醫學、口腔醫學碩士專業學位授權試點單位。
2005年，昆明醫科大學藥學院開始招收藥學專業碩士生。
2006年，學校被批準為開展推薦優秀應屆本科畢業生免試攻讀碩士研究生工作的單位。
2007年，在教育部本科教學工作水平評估中，昆明醫科大學榮獲優秀等級。
2009年，學校獲得公共衛生專業碩士學位授予權。
2010年，昆明醫科大學新增第二個博士后科研流動站。
2011年，學校獲得臨床醫學一級學科博士學位授予權，并擁有了醫學副教授職稱評審權和留學生招生權。
2012年，經教育部批準，學校更名為昆明醫科大學。
2013年10月，昆明醫科大學舉辦了一系列盛大的“建校80周年校慶”活動。
學院設置如下：
- 基礎醫學院：衛生檢驗、營養學
- 公共衛生學院：預防醫學、公共事業管理
- 口腔醫學院：麻醉學、口腔醫學
- 法醫學院：預防醫學專業
- 藥學院：藥學專業、藥物制劑
- 護理學院：臨床藥學、護理學專業、康復治療學
- 繼續教育學院：市場營銷
- 高等職業教育學院：法學專業（醫事法學方向）
- 海源學院：勞動與社會保障專業（醫療保險方向）
- 臨床腫瘤學院：臨床醫學、臨床醫學專業(腫瘤方向)
- 國際教育學院：公共事業管理專業（衛生事業管理方向）
- 第一臨床醫學院：醫學影像學、醫學檢驗專業
- 第二臨床醫學院：衛生檢驗、公共衛生與營養學
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