自1946年7月起，為滿足建設東北根據地急需大量專業干部的需求，東北銀行總行在佳木斯舉辦了第一期短訓班。
到了1948年3月，東北銀行總行從佳木斯遷移至哈爾濱，并將總行短訓班設立在哈爾濱市田地街。
1948年12月，隨著東北銀行總行一同由哈爾濱遷至沈陽市，訓練班也設立在沈陽市小南門里原交通銀行舊址。
1950年6月，東北銀行總行決定在東北銀行干校的基礎上擴建成立東北銀行專門學校，并投入東北幣5億元作為建校經費。1950年7月25日，干校從沈陽遷至長春市人民廣場銀行大樓。
1952年10月23日，國務院、教育部決定將東北計劃統計學院、東北財政專門學校、東北銀行專門學校合并，成立東北財經學院。經過調整，原東北銀行專門學校的部分教師、職工和?？茖W生遷往沈陽，并入東北財經學院；同時，保留部分教師、職工和高職科學生，開始籌建新的銀行學校。
1958年9月29日，吉林財貿學院正式成立，中國人民銀行長春銀行學校停辦。
1969年11月，在“加強戰備”、“藏干于民”、“建立農村紅色根據地”的口號下，吉林省革委會加緊部署和動員全省廣大干部插隊落戶，同時決定撤銷吉林財貿學院。
1970年8月，吉林省革委會決定將原吉林財貿學院、省財貿干校、省商業學校、省糧食學校、省供銷合作學校五校合并，成立吉林省財貿學校，校址設在長春市斯大林大街82號原吉林財貿學院院址。
1978年5月，經國家教育部批準，恢復吉林財貿學院。
經過恢復、發展和改革開放辦學時期，吉林財貿學院逐步建設成為一所綜合性財經高等院校，并成為省屬重點高等院校之一。
1992年5月，經國家教委批準，吉林財貿學院劃歸國家稅務總局領導，更名為長春稅務學院，成為全國第一所稅務本科普通高等學校，肩負著為全國稅務系統和吉林省培養高級稅務及各類財經管理專門人才的重任。
2000年，在高等院校布局結構調整中，學院又劃歸吉林省，成為省屬院校。2004年初，長春稅務學院被確定為吉林省重點高校。2010年，教育部批準長春稅務學院更名為吉林財經大學。
學院設有以下專業：
- 管理科學與信息工程學院：信息管理與信息系統、計算機科學與技術（金融信息化方向）、電子商務。
- 亞泰工商管理學院：工商管理、市場營銷、人力資源管理、旅游管理、物流管理。
- 公共管理學院：行政管理、勞動與社會保障、公共事業管理。
- 國際經濟貿易學院：國際經濟與貿易（英語、俄語）、國際商務。
- 會計學（含注冊會計師方向）、審計學、財務管理、資產評估。
- 金融學、保險學、金融工程。
- 電子商務、國際會計、國際金融。
- 英語（經貿方向）、日語（經貿方向）、朝鮮語（經貿方向）。
- 財政學、稅收學（注冊稅務師與高級稅務經理方向）。
- 統計學院：經濟統計學、統計學。
- 新聞學（財經新聞方向）、廣告學。
- 應用數學學院：數學與應用數學專業（保險精算方向）。
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