廣西壯族自治區立醫學院自1934年7月創立以來，于10月招收首批六年制本科生，標志著廣西高等醫學本科教育的開端，并成為全國最早設立醫學院校的22所學校之一。歷經四次校名更迭和七次校址遷移，該校在1937年2月增設多個專業課程以支持抗戰，包括軍醫、司藥、看護和擔架軍士及毒氣療法訓練班等。1944年春，因醫學專家和教授團隊壯大，教學質量提升，該校榮獲教育部電令嘉獎，被譽為全國前三名。同年夏，因日寇南侵，師生疏散至三江、八步等地，但始終堅持辦學直至抗戰勝利。1954年，校址遷回南寧津頭村，并在1961年試行《高校六十條》，步入穩步發展階段。1978年，該校開始招收碩士研究生和外國留學生，成為全國最早接收外國留學生的9所醫學院校之一。1981年獲得碩士學位授予權，1984年獲得博士學位授予權，均為廣西高校之先。1988年開始招收博士研究生，1992年正式更名為“廣西醫科大學”。
廣西醫科大學目前設有26個學院（部），擁有臨床醫學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學、藥學等4個博士后科研流動站，以及臨床醫學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學等3個一級博士學位授權點，1個臨床醫學博士專業學位培養單位，10個一級學科碩士學位授權點，3個碩士專業學位培養單位。
以下是歷任校長簡介：龍祖彭（1984.5-1991.7）、馬朝桂（1991.7-1998.5）、高楓（1998.5-2000.6）、唐步堅（2000.6-2005.12）、黃光武（2005.12-2012.4）、趙勁民（2012.4-2020.1.16）。
截至2020年1月16日，學校官網顯示，現有專任教師1840人，其中正高職稱555人，副高職稱623人；博士生導師178人、碩士生導師690人。此外，還有國家“萬人計劃”人選3人，國家級人選3人，中青年專家7人，教育部新世紀優秀人才支持計劃入選者7人，享受國務院政府特殊津貼專家78人，全國優秀教師和全國模范教師13人，2018-2022教育部高等學校教學指導委員會委員12人。
學校設有19個二級學院、1個教學部，包括基礎醫學院、公共衛生學院、第一臨床醫學院等，并擁有139個實踐教學基地，13個校外研究生培養基地，1個醫學人文技能培訓基地，21個高等學歷繼續教育函授站。
廣西醫科大學已構建起學士、碩士、博士、博士后完整的教育培養體系，涵蓋醫學、理學、工學、文學、管理學、法學、教育學等7大學科門類，是國家首批碩士、第二批博士學位授權單位。擁有5個一級學科博士學位授權點，10個一級學科碩士學位授權點，2個臨床醫學博士專業學位培養單位，6個碩士專業學位培養單位，以及4個博士后科研流動站。其中，2015年臨床醫學博士后科研流動站被評為廣西唯一全國優秀博士后科研流動站。
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