東北農業大學設置有二十個學院含動物醫學學院；水利與建筑學院；應用技術學院；食品學院；工程學院；動物科學技術學院；馬克思主義學院；成棟學院；生命科學學院；園藝學院；資源與環境學院；文法學院；理學院；國際文化教育學院；電氣與信息學院；藝術學院（藝術教育中心）；體育部；農學院；經濟管理學院；等學院。
東北農業大學專業設置有農業水利工程、食品科學與工程、電子信息工程、水利水電工程、包裝工程、設施農業科學與工程、生物工程、農業機械化及其自動化、農業電氣化與自動化、農業建筑環境與能源工程、土木工程、水文與水資源工程、水產養殖學、應用生物科學、農業資源與環境、動物藥學、植物生產、環境生態類、草業科學、環境生態、種子科學與工程、國際經濟與貿易、金融學、軟件工程、植物保護、農學、園藝、園林、動物科學、動物醫學、土地資源管理、公共管理類、工商管理類、保險、經濟學、經濟學類、信息管理與信息系統、工業工程、工程管理、市場營銷、工商管理、會計學、旅游管理、人力資源管理、行政管理、農林經濟管理、農村區域發展、食品質量與安全、電氣信息類、輕工紡織食品類、電氣工程及其自動化、糧食工程、風景園林、乳品工程、制藥工程、物流工程、社會工作、法學、信息與計算科學、應用化學、環境科學、生態學、生物科學、生物技術、資源環境與城鄉規劃管理、環境科學、俄語、廣播電視編導、藝術設計、英語、統計學、對外漢語、動物生產、農業工程、車輛工程、新能源科學與工程、機械設計制造及其自動化、計算機科學與技術等幾十個本科專業。
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