南方醫科大學設置有13個學院含有：基礎醫學院、生物技術學院、人文與管理學院、馬克思主義學院、外國語學院、醫學職業技術學院、基因工程研究所體育部、第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、中醫藥學院、生物醫學工程學院、藥學院、護理學院、公共衛生與熱帶醫學學院等學院 。
南方醫科大學核心專業設置有：基礎醫學本科、臨床醫學（輸血醫學）本科、臨床醫學 (全科醫學）本科、臨床醫學 (婦幼醫學) 本科、臨床醫學（臨床病理）本科、預防醫學本科、預防醫學(食品安全)本科、預防醫學（衛生檢驗檢疫）本科、臨床醫學（本碩博連讀）八年制、醫學影像學本科、藥學、藥學（藥物化學）、口腔醫學本科、藥物制劑、中西醫臨床醫學本科、藥學（臨床藥學）、臨床醫學（卓越創新班）本科、臨床醫學（臨床心理）本科、中醫學本科、中醫學（針灸推拿）本科、護理學、護理學（助產）、經濟學、公共事業管理（醫院管理）、市場營銷（醫藥市場營銷）、法學、法學（衛生監督與管理）、理學類 生物技術、生物信息學、應用心理學、中藥學本科、統計學（生物統計）、醫學檢驗（醫學實驗技術）、醫學檢驗（臨床檢驗）、中西醫臨床醫學、電子信息工程、生物醫學工程（醫學物理師）、生物醫學工程（醫學儀器檢測）、生物技術本科、生物技術（生物制藥）、英語、商務英語、統計學、基礎醫學、預防醫學、臨床醫學、醫學影像學、醫學檢驗、口腔醫學、中醫學、中藥學、市場營銷、公共事業管理、計算機科學與技術、生物醫學工程、制藥工程、計算機科學與技術（動漫設計與制作）、制藥工程（中藥）、康復治療學、生物醫學工程（生物信息工程）、生物醫學工程（醫學影像工程）、等專業學科。
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