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大連海事大學有環境科學與工程學院等19個學院；海洋工程學院；信息技術學院；航運發展研究所；運輸設備與海洋工程學院；法學院；數學系；物理系；專業學位教育學院；高級運輸研究學院；繼續教育學院；外國語學院；公共管理和人文學院；馬克思主義學院；體育工作部；海事訓練和研究中心；船舶導航系統國家工程研究中心；運輸管理學院；航海學院等。
大連海事大學專業為通信工程、電子信息工程、計算機科學與技術、社會工作、統計學、電氣工程及其自動化、軟件工程、環境工程、傳感器網絡技術、熱能與動力工程、地理信息系統、自動化、交通運輸、輪機工程(船舶機器制造方向)、船舶電子電氣工程、物流工程、機械設計制造及其自動化、救撈工程、測控技術與儀器、網絡工程、土木工程、航海技術、船舶與海洋工程、 輪機工程(輪機工程管理方向)、政治學與行政學(交通行政管理方向)、信息管理與信息系統、工商管理、市場營銷、財務管理、旅游管理、電子商務、行政管理、公用事業管理、船舶電子電氣工程、智能科學與技術、電子信息科學與技術專業、測控技術與儀器專業、信息工程、國際經濟與貿易、經濟學、物流管理、審計學、工商管理、航運管理、公共管理、救撈工程、 旅游管理(郵輪與游艇管理)、法學(海商法)、法學(國際經濟法)、社會工作(海事社工)、政治學與行政學、信息與計算科學、應用物理學、電子信息科學與統計學、海洋生物資源與環境、文學、漢語言文學、英語、日語、法學、海洋工程、熱能與動力工程、光電信息工程、地理信息系統、海洋生物資源與環境、哲學、海事管理、材料科學與工程、自動化等幾十個專業。