成立于1954年的黑龍江中醫藥大學，最初名為黑龍江省中醫進修學校，后經過多次更名。
1959年正式更名為黑龍江中醫學院。
1996年，該校獲得國家教育部批準，更名為現名——黑龍江中醫藥大學。
2004年，該校在全國首批本科教學工作水平評估中榮獲優秀結論。
2007年，該校成為全國首家通過教育部本科中醫學專業認證的單位。
同年，黑龍江中醫藥大學與英國倫敦南岸大學、哈爾濱師范大學在英國倫敦合作創辦了世界首家中醫孔子學院。
2008年，該校被認定為國家級中醫臨床研究基地建設單位。
2009年，榮獲全國精神文明建設工作先進單位的稱號。
2014年3月，與美中藥聯商會合作，黑龍江中醫藥大學美國分校正式成立，標志著全球首個在海外開設中藥學學士學位課程的機構誕生。
截至2014年6月，黑龍江中醫藥大學設有11個學院、11個附屬醫院（其中9個非直屬）、1個研究院、24個教學醫院以及62個實習基地。學校開設有中醫學、中西醫臨床醫學、針灸推拿學、中藥學、藥物制劑、制藥工程、中藥資源與開發、生物技術、護理學、公共事業管理、藥學、食品科學與工程、應用心理學等13個本科專業及8個專業方向。
學院設置包括臨床醫學院（附屬第一醫院）、針灸推拿學院（附屬第二醫院）。
成人教育學院、國際教育學院也在此序列。
此外，人文與管理學院、馬克思主義學院、佳木斯學院、中醫藥研究院等均為學校的重要組成部分。
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